裂
南红的裂很常见，让本来质地与颜色都很好的保山南红一直落寞着，因为裂太大较难成器，多以珠制品为主，较难形成多化的收藏模式。凉山南红出现后才弥补了没有完美雕件的空缺丰富了南红玛瑙的多元化收藏市场，因为凉山料裂少较为完整。
不只是南红，裂对翡翠、和田玉等几乎所有珠宝玉石都是致命的，但是这里又有活裂与死裂之分。活的在往后的把玩、佩戴里都有可能越长越大，甚至破碎，得特别小心保护。
而死裂则已经是固定的，不会再生长，除非受到强力碰撞，否则正常的把玩与佩戴都不会有问题。所以商家有时说“这个产品有微裂，但是没问题的”表达的死裂就是这个意思。
杂质
南红玛瑙的形成时因为火山岩浆喷发而成的，在喷发过程中，由于外界的压力和温度变化而形成的玉石品种，其化学成分为二氧化硅。在形成的过程中，火山喷发的火山灰进入到了南红玛瑙或是被南红玛瑙形成时被包裹之中了。就看到了我们现在所说的杂质。
水线
在南红玛瑙中水线时叫为常见的一种形态，少部分人认为这是一种瑕疵，但是大多数人很喜欢这种瑕疵，因为有水线的南红玛瑙肉质会更加紧密，所以对于水线是不是瑕疵这要看制作过程中，雕刻师们或是加工师门如何去处理。
巧用水线，让南红的雕刻作品更加浑然天成，画面自成一派，把大自然的美保存下来，可谓风景这边独好。
棉
棉这种形态在玉石之中是比较常见的一类形态，有条状、絮状、雾状等(南红之中朱砂分布均匀的不算棉)。南红玛瑙之中只有在冻石与其水料之中较为常见这种瑕疵形态的出现。
水晶
南红玛瑙与水晶从化学成分上来看属于同一种宝石(化学成分都是二氧化硅)。只是在形成的过程中，由于压力与温度的不同，玉化程度好的形成了南红玛瑙，玉化程度不好的形成了水晶。也就是为什么我们见到的南红玛瑙常常有水晶共生的状态了，但是有水晶的南红玛瑙往往润度比较好。
天然的南红玛瑙不带瑕疵是非常稀少的，价格自然也非常昂贵，所以一件南红作品上稍有一些瑕疵是可以接受的，如果再有精湛的雕刻工艺为其修饰，使其最终的效果达到画龙点睛之笔，那么一些瑕疵就不再是瑕疵了，而是这件南红作品的亮点，要相对来看。
